В феврале 2010 года сообщалось, что генерал был уволен с военной службы в запас: по официальной версии Минобороны, по состоянию здоровья. Ранее сообщалось, что Башлаков увольняется в запас с официальной формулировкой "по организационно-штатным мероприятиям".

Между тем, отставка Башлакова предсказывалась еще в 2009 году. По некоторым данным, начальник ГУВР отказался занять одну из двух предложенных высоких должностей по плану ротации в одном из военных округов за Уральским хребтом, писала "Независимая газета". По другой версии, новое руководство военного ведомства давно готовило кардинальную реформу воспитательных структур армии и флота, и смена начальника Главка была неизбежной.

В середине 2009 года вероятным преемником Анатолия Башлакова называлась советник министра обороны Екатерина Приезжева - знакомая Анатолию Сердюкову еще по Санкт-Петербургу, она давно критично высказывалась по поводу устаревших стиля и методов воспитательных органов в армии.

Одновременно с увольнением Башлакова понижается статус Главка – он станет структурным подразделением Главного управления кадров Минобороны РФ, около 40% штатных должностей окажутся переведены из офицерских в гражданские, а оставшимся в строю "комиссарам" понизят должностные категории, писала "НГ".

Отметим, что отставку Башлакова СМИ тогда расценили как продолжение радикальных кадровых перестановок в структурах Вооруженных сил, начавшихся с приходом в феврале 2007 года к руководству военным ведомством Анатолия Сердюкова. За это время сменились практически все заместители министра обороны, главкомы видов Вооруженных сил, командующие родами войск, а также военных округов и флотов, а также перестановки произошли среди руководства главных и центральных управлений Минобороны и Генштаба. За эти годы сменились главкомы Сухопутных войск и ВМФ, командующие Ракетными войсками стратегического назначения, Воздушно-десантными войсками, Космическими войсками.