10 ноября 1989 года совет народных депутатов Юго-Осетинской автономной области Грузинской ССР принял решение о её преобразовании в автономную республику.

Верховный Совет Грузинской ССР признал это решение неконституционным, после чего в конце ноября более 15 тысяч грузин, при поддержке властей Тбилиси, пытались прибыть в Цхинвали, чтобы провести там протестный митинг. В результате стычек между участниками акции, осетинами и советской милицией на пути в город минимум шесть человек погибли, 27 получили огнестрельные ранения и 140 были госпитализированы.

20 сентября 1990 года Совет народных депутатов Юго-Осетинской автономной области провозгласил Республику Южная Осетия. 10 декабря 1990 Верховный Совет Республики Грузия принял решение об упразднении осетинской автономии.

11 декабря 1990 года в Цхинвале, в межэтническом столкновении погибли три человека, и Грузия ввела в Цхинвал и Джавском районе чрезвычайное положение. В ночь с 5 на 6 января 1991 года в Цхинвал были введены подразделения милиции и национальной гвардии Грузии. Натолкнувшись на сопротивление осетинских отрядов самообороны и местной милиции, через три недели они были вынуждены оставить город.

В течение 1991 года продолжались периодические вооружённые столкновения. Начался поток беженцев из зоны конфликта в Северную Осетию, на российскую территорию. В Цхинвал стали прибывать добровольцы из Северной Осетии и казаки. Грузинские полицейские силы контролировали стратегические высоты вокруг Цхинвали и осуществляли обстрелы города, приводившие к многочисленным разрушениям и жертвам.

К началу 1991 года город Цхинвали покинуло и все грузинское население. На итоговый результат военных действий в значительной степени повлияла политическая нестабильность в самой Грузии, где в конце 1991 - начале 1992 годов началась гражданская война.

Боевые действия, сошедшие к тому времени на уровень одиночных огневых контактов и рейдерства, были прекращены после подписания Дагомысских соглашений между Россией и Грузией. 14 июля 1992 года в зону конфликта были введены миротворческие силы в составе трёх батальонов (российского, грузинского и осетинского).

Дагомысские соглашения предусматривали прекращение огня и создание органа для урегулирования конфликта — Смешанной контрольной комиссии (СКК), в которую вошли грузинская и южноосетинская (в грузинских источниках называемая "Цхинвальской") стороны, Россия и, в качестве отдельной стороны, Северная Осетия. Всего за период с декабря 1990 по июль 1992 года в результате конфликта в бывшей автономной области погибло от двух до четырех тысяч человек, сообщает Википедия.

23 декабря 2000 года было подписано российско-грузинское межправительственное Соглашение о взаимодействии в восстановлении экономики в зоне грузино-осетинского конфликта и в возвращении беженцев. В апреле 2001 года в Южной Осетии состоялся референдум по внесению изменений в Конституцию республики, проведение которого руководство Грузии считает незаконным.

3 июня 2004 года Грузия направила в Цхинвальский регион 20 вагонов с танками и бронемашинами, несколько установок "Град" и 350 миротворцев. Грузия в Цхинвальском регионе располагала 150 военнослужащими, вооруженными стрелковым оружием. Всего в зоне конфликта Грузия может иметь 500 военнослужащих с ограниченным количеством тяжелой техники.

28 июня 2004 года трое сотрудников МГБ Грузии были задержаны по подозрению в проведении диверсионно-террористических акций в Южной Осетии. После этого Грузия отказалась участвовать в заседании Смешанной контрольной комиссии по урегулированию в Южной Осетии, которое планировалось провести в Москве 30 июня. 3 июля представители грузинских спецслужб были освобождены. Грузия заявила о намерении продолжить работу в рамках комиссии.

30 июня 2004 года российские миротворцы подверглись нападению со стороны подразделения грузинского МВД. В этой связи МИД России призвал Тбилиси "не доводить ситуацию в Южной Осетии до опасной черты".

Обстановка в зоне грузино-осетинского конфликта обострилась 8 июля 2004 года в связи с вооруженным столкновением в Лиахвском ущелье Южной Осетии. По поступившим из Тбилиси данным, двое грузинских миротворцев ранены, один похищен. 8-9 июля в Цхинвали прошли переговоры по урегулированию грузино-осетинского конфликта между государственным министром Грузии Георгием Хаиндравой и заместителем командующего сухопутными войсками РФ генерал-лейтенантом Валерием Евневичем – была достигнута договоренность об освобождении задержанных в Южной Осетии военнослужащих внутренних войск Грузии.

26 января 2005 года на заседании ПАСЕ в Страсбурге президент Грузии Михаил Саакашвили озвучил мирные инициативы в отношении Южной Осетии. В соответствии с ними, Южной Осетии предложен широкий автономный статус в составе единого грузинского государства. Инициативы Саакашвили в телефонном разговоре 15 февраля поддержал президент США Джордж Буш. Президент Южной Осетии Эдуард Кокойты, комментируя инициативы Саакашвили, заявил, что "Южная Осетия - давно уже независимая республика", и о создании единого с Грузией государства речи быть не может.

15 февраля 2006 года парламент Грузии принял постановление, предусматривающее прекращение миротворческой операции в зоне грузино-осетинского конфликта. Действия России в регионе в этом документе расценивались как "интервенция".

31 мая 2006 года была проведена ротация российских войск в составе Смешанных сил по поддержанию мира в зоне грузино-осетинского конфликта. Ротация российских военных проходила через Рокский тоннель, который Грузия не контролирует. Официальный Тбилиси счел действия российской стороны вызовом в свой адрес. Власти страны заявили, что под видом ротации Россия вводит в регион дополнительные войска.

16 июля 2006 года грузинская полиция задержала машину руководителей смешанной комиссии по урегулированию грузино-осетинского конфликта. Их обыскали и на несколько часов конфисковали вещи. Из-за этого инцидента заседание комиссии решено было перенести на сутки.

18 июля 2006 года парламент Грузии принял постановление о немедленном выводе российских миротворцев с территории страны.

27 сентября 2006 года грузинские спецслужбы задержали четырех российских офицеров, работающих в ГРВЗ. Арестованных военных Тбилиси обвинил в шпионаже.

12 ноября 2006 в Южной Осетии состоялись референдум о независимости и выборы президента республики. Грузинское правительство объявило их нелегитимными, сообщает РИА "Новости".

29 ноября 2007 года власти Цхинвали передали российским властям и международным организациям обращение с просьбой признать Южную Осетию.