Деятельностью Ивана Мушкета Генпрокуратура РФ заинтересовалась летом 2007 года: тогда в Санкт-Петербург в сопровождении оперативников ФСБ приехала бригада следователей, предметом интереса которых стали разрешения на переработку металлолома вне пределов России. Такие разрешения региональные таможни начали выдавать в 2005 году, после того как в России были введены заградительные пошлины на ввоз никелевых сплавов и стального проката. Такая мера была принята правительством РФ для сохранения рынка за отечественными производителями. По мнению Генпрокуратуры, подобными разрешениями пользовались контрабандисты, которые практически беспошлинно вывозили из России якобы на переработку металлолом, а ввозили дорогой прокат из нержавейки и никельсодержащих сплавов американского, европейского и даже китайского производства.
Как показала проверка, бывший начальник Санкт-Петербургской таможни Иван Мушкет в 2005 году выдал подобное разрешение ООО "Балтметаллкомплекс". Руководство Северо-Западного таможенного управления тогда наложило на господина Мушкета строгий выговор и направило материал ведомственной проверки в прокуратуру. В результате господину Мушкету пришлось уйти из таможни. Это не помешало ему впоследствии занять должность заместителя главы администрации Колпинского района.
Однако Генпрокуратура все-таки нашла в действиях бывшего таможенника криминал, обвинив его в превышении должностных полномочий и получении взятки, сообщает газета "Коммерсант". По версии следствия, компания "Балтметаллкомплекс" за те несколько месяцев, что разрешение было действительно, вывезла за границу около 450 т стальных изделий, в результате чего недоплатила в бюджет около 850 млн руб.
Кроме этого, по мнению следствия, господин Мушкет за лоббирование интересов строительной корпорации "Перестрой" получил взятку в виде бесплатного ремонта своих двух квартир на проспекте Испытателей и на улице Маршала Говорова и дачи в пригороде Петербурга.
Как выяснило следствие, корпорация «Петрострой» получила подряды на проведение крупномасштабных ремонтно-строительных работ на объектах Санкт-Петербургской таможни. Всего было заключено 12 договоров на общую сумму около 17,5 миллиона рублей (тогда как ремонт на личных объектах Ивана Мушкета обошелся «Петрострою» в сумму всего чуть больше 1 миллиона рублей). Причем «Петрострой» Мушкетом был привлечен к работам на таможне, несмотря на то, что Государственный таможенный комитет разрешения на привлечение коммерческой фирмы не давал. Мало того, финансирование работ велось не за счет таможенного бюджета, а за средства из привлеченной Мушкетом «спонсорской помощи», которую Мушкет потребовал с фирм — участников внешнеэкономической деятельности. Характерно, что «спонсорская помощь» на ремонт таможни переводилась коммерсантами не на счета специального внебюджетного фонда, а сразу на счета «Петростроя».
По обвинению в этих преступлениях господин Мушкет даже арестовывался, проведя в следственном изоляторе "Кресты" несколько месяцев в 2007 году. Потом мера пресечения была ему изменена. Между тем сам Иван Мушкет считает, что факты, изложенные следствием, не соответствуют действительности.
