В сентябре 2001 г. МНС выпустило с грифом "ДСП" письмо со списком из более 40 банков, которые, по мнению министерства, "ранее использовались при попытках неправомерного возмещения НДС" экспортерам. В черный список МНС попали и несколько крупных банков, в том числе Альфа-банк.

В середине сентября сам Альфа-банк сообщил, что УФСБ по Санкт-Петербургу и Ленинградской области "проводит мероприятия по ряду клиентов банка [. .. ] по выявлению нарушений в финансовой сфере". Службы Альфа-банка проверяли информацию о причастности сотрудников питерского филиала "к незаконным операциям, в частности к неправомерному возврату НДС".

В течение октября подали в отставку примерно 10 сотрудников питерского филиала Альфа-банка - все руководство во главе с управляющим Виталием Рябовым и ряд ключевых менеджеров. В Альфа-банке пытались замять скандал и последующее назначение новых менеджеров объясняли необходимостью повышения эффективности работы. "Новая организационная структура предполагает прямое подчинение руководителей корпоративной и розничной дирекций центральному офису банка", - отмечалось в пресс-релизе Альфа-банка. Теперь, когда сотрудники ФСБ добрались до головного офиса банка в Москве, руководители Альфа-банка уже не скрывают, что отставки были связаны с питерским расследованием.

"Действия бывших высокопоставленных сотрудников Санкт-Петербургского филиала вне зависимости от последующей правовой оценки несовместимы с их дальнейшей работой в банке, - отметил предправления Альфа-банка Рушан Хвесюк. - Ни один из российских банков не застрахован от подобных инцидентов".

В Альфа-банке отказались назвать питерские компании, по которым возбуждено уголовное дело. Руководитель пресс-службы банка Вадим Юрко уверяет, что они не аффилированы с Альфа-банком, не имеют отношения к его владельцам и бизнесу. А вице-президент Альфа-банка Александр Гафин заявил, что инициатива следственных мероприятий исходила от самого банка По его словам, к расследуемым нарушениям были причастны сотрудники санкт-петербургского филиала и, возможно, "некие сотрудники центрального офиса оказывали помощь питерской группе".

Другие источники "Ведомостей" в Альфа-банке уверяют, что питерцы "занимались самодеятельностью" без ведома руководства банка и, "по сути, организовали свой бизнес по возврату НДС" экспортерам. В банке уверяют, что пока никому из сотрудников обвинения не предъявлены и они проходят по делу как свидетели.

Президент Ассоциации российских банков Гарегин Тосунян говорит, что истоки неправомерного возмещения НДС "всегда нужно искать в госведомствах, а не в банках". "Инициаторами подобных махинаций выступают либо сами лжеэкспортеры, либо кто-то из ведомств, - говорит Тосунян. - Банки могут быть соучастниками, иногда даже неосознанно. Это серьезная проблема, некоторые преступники даже специально покупали банковскую лицензию, чтобы проворачивать подобные операции". По его мнению, здесь важно понять, увяз в этом банк или это "какая-то паршивая овца за спиной владельцев" занималась незаконными операциями.