Губернатор Санкт-Петербурга Владимир Яковлев направил в городской парламент проект закона "О внесении изменения в Закон "О порядке применения упрощенной системы налогообложения, учета и отчетности для субъектов малого предпринимательства в Санкт-Петербурге". Цель проекта - привести действующую редакцию городского закона от 11 июня 1996 года в соответствие с нормами федерального законодательства, по которому малые предприятия должны платить налоги от общего объема реализованной продукции. Закон "О порядке применения упрощенной системы налогообложения, учета и отчетности для субъектов малого предпринимательства в Санкт-Петербурге" вступит в силу с первого числа очередного налогового периода, но не ранее чем по истечении одного месяца со дня его официального опубликования.
В Санкт-Петербурге для торговых, снабженческих и сбытовых организаций под выручкой понимается разница между продажной и покупной стоимостью реализуемых товаров. Прокуратура сочла, что это не соответствует федеральному законодательству, и обратилась в Городской суд. Суд удовлетворил иск прокуратуры к Законодательному собранию 23 апреля 2002 года. 17 июня 2002 года Верховный Суд оставил в силе решение Городского суда.
По данным Управления Министерства РФ по налогам и сборам по Санкт-Петербургу, за 9 месяцев 2001 года количество организаций, применяющих упрощенную систему налогообложения, оценивается в 15 тыс. 335 (в том числе у 8 тыс. 623 организаций объект налогообложения не соответствует федеральному законодательству). В Администрации Санкт-Петербурга считают, что приведение городского закона в соответствие с федеральным позволит увеличить доходы бюджета города на 200 млн. рублей в год.
10 июля 2002 года депутаты Законодательного собрания Санкт-Петербурга приняли в третьем чтении проект закона "О внесении изменений и дополнений в закон Санкт-Петербурга "О порядке применения упрощенной системы налогообложения, учета и отчетности для субъектов малого предпринимательства в Санкт-Петербурге". За его принятие в третьем чтении проголосовали 38 депутатов. В документе, разработанном фракцией "Яблоко", предлагается сделать объектом налогообложения не валовую выручку, как сейчас, а совокупный доход, с которого в городской бюджет будет взиматься 10% (плюс 10% - в федеральный бюджет). Для торговых, снабженческих и сбытовых организаций устанавливается региональная ставка 3% (плюс 10% в федеральный бюджет). По мнению авторов законопроекта, если малым предприятиям придется платить налоги от общего объема реализованной продукции, налогообложение малого бизнеса возрастет примерно в 6 раз.
Законопроект, принятый Законодательным собранием, поступил в канцелярию 16 июля 2002 года. Владимир Яковлев вернул документ без подписания, указав, что законопроект не соответствуют федеральному законодательству. Официальный ответ был отправлен канцелярией на имя председателя Законодательного собрания Сергея Тарасова 26 июля.