Конечное решение об отставке Владимира Якунина с должности главы РЖД было принято после того, как его сын Андрей направил заявку на получение подданства Великобритании. В ситуации войны с Западом подобное было расценено как акт предательства.
Недовольство Владимира Путина, помимо этого, вызвали справки «особой важности», подготовленные ФСБ и Федеральной службой по финансовому мониторингу (Росфинмониторинг). В них были приведены сведения о движении средств РЖД.
В компании продолжали выкачивать деньги даже тогда, когда президентом было четко сказано „хватит“. Часть секретных документов по аффилированным с РЖД компаниям предоставили западные партнеры.
Среди офшоров, тесно связанных с деятельностью госкомпании, в СМИ неоднократно упоминались зарегистрированные в юрисдикции Кипра транспортные компании Far East Land Bridge и «Региональная гостиничная сеть».
По данным РБК и Reuters, обе компании входили в контролируемый Андреем Якуниным инвестфонд VIY (Venture Investments & Yield Management LLP). Фонд зарегистрирован в Лондоне, где Якунин-младший живет больше пяти лет.
Якунин ушел в отставку с поста главы РЖД в августе 2015 года. Пост президента компании он занимал с июня 2005 года. Новым главой РЖД стал Олег Белозеров, который ранее занимал пост заместителя министра транспорта. Президент Путин, комментируя отставку Якунина, тогда заявил, что «это его выбор, и каждый человек смотрит на свое будущее так, как считает это нужным».