Согласно предарительным версиям в США, ответственность за организацию скоординированной серии беспрецедентных терактов может лежать на саудовском миллионере-экстремисте Усаме бин Ладене, Национальном фронте освобождения Палестины и колумбийских наркокартелях. Лидер Палестинской автономии Ясир Арарфат должен прибыть в Нью-Йорк для участия в 56-й Сессии Генеральной Ассамблеи ООН. Он уже назвал теракты "невероятными", а руководство НФОП отвергло причастность организации к терактам. Между тем, существуют серьезные основания считать две другие версии заслуживающими внимания. Бен Ладен считается в США "террористом номер 1", стоящим за серией терактов против США. Его называют ответственным за организацию взрывов посольств США в Кении и Танзании, а также атаки террористов-смертников на американский эсминец Коул в Йемене. Версия о колумбийском следе обосновывается тем, что в минувшую субботу один из основателей небезызвестного Медельинского картеля Фабио Очоа был выдан властями Колумбии для суда в США. Эта версия, в частности, может косвенно подтверждаться фактом закрытия границы США с Мексикой, куда могут предположительно направиться в попытке скрыться организаторы терактов.
