2008 г. Андрей Гурьев проходил фигурантом по уголовному делу по обвинению в хищении акций «Апатита» у государства преступной группой во главе с Михаилом Ходорковским и Платоном Лебедевым. Приговором Мещерского суда г. Москвы были установлены обстоятельства хищения акций через АОЗТ «Волна». Договор, по которому в июле 1994 году фонд имущества Мурманской области продал «Волне» спорный пакет, арбитражный суд в 1998 году постановил расторгнуть и обязал вернуть акции «Апатита» в федеральную собственность. Но это решение исполнено не было: акции несколько раз меняли владельца, а потом произошла их конвертация путем дробления. Ходорковский и Лебедев были осуждены, а Гурьев в то время являлся сенатором и обладал юридической неприкосновенностью. В начале 2006 года Росимущество подало иск в Арбитражный суд о возврате акций. Судебным решением акции должны быть возвращены государству, но Андрей Гурьев возвращать их не желает и на каждое положительное решение суда по иску Росимущества Гурьев подает апелляции. (Коммерсант, от 18.09.2008 № 168 (3985))

2008 г. Андрея Гурьева обвиняли в том, что в 1997 году он незаконно, без учета мнения акционеров, на не выгодных для ОАО «Апатит» условиях, продал ЗАО «Горнохимпром» (г.Элиста) горнообогатительную фабрику АНОФ-2. Причем, перед продажей не была установлена рыночная стоимость фабрики, продали ее в кредит, срок которого заканчивается в 2015 году. Сразу после покупки, «Горнохимпром» сдал фабрику АНОФ-2 в аренду ее бывшему владельцу - ОАО «Апатит», и из арендных платежей оплачивает кредит за покупку фабрики. (rospres.com, от 17.11.2008)

2008 г. Конфликте возник между Андреем Гурьевым и владельцем завода «Акрон» Вячеславом Кантором. Удобрения «Акрона» производились из апатитового концентрата, а ОАО «Апатит» является фактическим монополистом в производстве этого концентрата. Много раз Кантор поднимал вопрос о включении «Апатита» в список монополистов, но получал отказ. Стороны не договорились о цене и «Акрону» пришлось временно остановить часть производственных линий в Новгороде. Конфликт был урегулирован только с помощью Федеральной антимонопольной службы: в феврале 2006 года суд обязал «Апатит» заключить с «Акроном» пятилетний договор на поставку сырья по реальной цене. В июле 2007 года судебные разбирательства возобновились. Их результатом стало решение Федерального арбитражного суда Московского округа от 21 февраля, согласно которому цена концентрата для «Акрона» осталась на прежнем уровне. («Русский курьер» от 01.07.2004, «Коммерсант» № 36 (3853) от 05.03.2008)

В декабре 2008 года произошла авария на одном из рудников, принадлежащих «Апатиту», на которой погибло 12 рабочих. Андрея Гурьева и его партнера, генерального директора «ФосАгро» Максима Волкова, обвинили в случившемся. Писали, что они не вкладывали средства в обеспечение безопасности на руднике, а использовали деньги компании лишь для личного обогащения. В прессе прошла информация о том, что на предприятиях холдинга пришли в негодность производственные мощности и устарело оборудование. (rospres.com, от 18.12.2008)

2009 г. Имя Гурьева упоминается в прессе в связи с уголовным делом о налоговых преступлениях. В частности, Гурьева подозревают в использовании различных схем, с помощью которых с 2001 по 2005 годы занижалась доля налоговых выплат в бюджеты всех уровней. В результате проверок на «Апатите» было возбуждено уголовное дело по обвинению в неуплате налогов. Общая сумма налоговых претензий государства к ОАО «Апатит» по разным источникам составляет около 10 млрд. рублей. В 2007 году «Апатит» проиграло кассацию по налоговым претензиям. После проигрыша в суде Андрей Гурьев, предполагая возможные аресты его счетов, стал вкладывать деньги в материальные ценности. В частности, приобрел пятый «Роллс-Ройс» (четыре у него уже есть) за 500 тысяч долларов. Говорят, что если компания Гурьева погасит сумму долга перед налоговыми органами, то это поставит компанию на грань банкротства. Бывший соратник Гурьева экс-губернатор Мурманской области Юрий Евдокимов, который тогда занимал свой пост, пошел в судебном конфликте против Гурьева и выступил в прессе с предложением сменить собственника ОАО «Апатит», чтобы снять с компании претензии налоговиков. (rospres.com, от 19.03.2009)

2009 г. Гурьева обвиняют в том, что его предприятие нарушает необходимые экологические нормы, тем самым загрязняет окружающую среду на территории Мурманской области. В 2008 году экологи заинтересовались методами добычи апатит-нефелиновых руд ОАО «Апатит». Ходили слухи об отзыве лицензии на добычу апатит-нефелиновых руд у предприятия в связи с тем, что долгое время из рудников забиралась наиболее высококачественная порода, а выработка месторождений намеренно снижалась. Предполагали, что если бы не должность в Совете Федерации, Гурьеву могла бы грозить уголовная ответственность за нарушение правил охраны и пользования недр. («Паритет-медиа» от 08.04.2009, www.compromat.ru от 26.03.2009)

В ноябре 2008 года «ФосАгро» остановил производство минеральных удобрений на «Балаковских минеральных удобрениях». По мнению журналистов, это было провокацией со стороны Гурьева с целью вызвать рост цен на минеральные удобрения внутри страны и максимально увеличить свои личные прибыли. В то время подобная политика «ФосАгро» привела к остановке ряда предприятий страны. Серьезный конфликт произошел в г. Пикалево Ленинградской области, когда компания «Апатит» увеличила цены на нефелин, которые используют в работе «БазэлЦемент-Пикалево», «Пикалевский цемент» и «Метахим». Пикалевские предприятия длительное время вели переговоры с ОАО «Апатит» и холдингом «ФосАгро», но цены снижены не были. Гурьева обвинили в пренебрежении интересами страны. Антимонопольная служба на пресекла действия «Апатита» только потому, что заместитель руководителя ФАС Андрей Цыганов дружен с Андреем Гурьевым и встал на его сторону. ( www.rospres.com от 18.12.2008, «Коммерсант» № 211 (4266) от 12.11.2009, www.newsru.com от 12.11.2009)

2009 г. Андрея Гурьева обвиняют в том, что он, контролируя некую оффшорную кипрскую компанию Shades of Cyprus Ltd, пытался получить от Сбербанка России около 100 миллионов долларов, сумму банковской гарантии оферты компании «Уралхим» о выкупе акций подмосковного предприятия «Воскресенские минеральные удобрения». В 2008 году «Уралхим» приобрел 71,72% акций «Воскресенских минеральных удобрений» и отправил миноритариям оферту, гарантию по которой обеспечивал Сбербанк России. Среди миноритариев была компания Shades of Cyprus Ltd, которая вовремя не подала заявление о продаже своих акций и осталась владельцем 25% акций «Воскресенских минеральных удобрений», стоимость которых оценивается как раз в 100 миллионов долларов – «Уралхим» отказал миноритарию в выкупе акций. Кипрская компания обратилась в Арбитражный суд Москвы с иском к Сбербанку России. Реальным истцом, стоящим за кипрским оффшором, называют Андрей Гурьева, а саму компанию Shades of Cyprus Ltd - подставной. («Коммерсант» № 82 (3899) от 16.05.2008, Газета «Коммерсант» № 218/П (4273) от 23.11.2009)

В апреле 2010 года правительство предложило руководству холдинга «ФосАгро», а фактически Андрею Гурьеву, обменять 20% акций «ФосАгро» на «спорный» пакет акций «Апатита». Данный вопрос весной 2010 года находился на стадии обсуждения. Писали, что для Гурьева это важное решение: он исключит претензии со стороны государства на этот пакет акций. Кроме того, «ФосАгро» планирует выйти со своими ценными бумагами на мировые биржи, а иностранные инвесторы не любят вкладывать деньги в непрозрачные структуры. 22 апреля 2010 года Совет директоров ОАО «ФосАгро» избрал своим председателем ректора Санкт-Петербургского Государственного горного института (Технического Университета). Владимира Литвиненко, известного своей дружбой с Владимиром Путиным и покровительством Андрей Гурьева. Предполагалось, что это назначение непосредственно связано с обменом акций. (Ведомости, от 16.04.2010)

2010 г. На официальном сайте Генеральной прокуратуры РФ было опубликовано обвинение, предъявленное в свое время Платону Лебедеву, который вместе с Ходорсковским был обвинен в хищении и осужден. В документе Андрей Гурьев назван одним из членов организованной преступной группы, на протяжении ряда лет занимающейся хищением. По данным следствия, с момента получения контроля над ОАО «Апатит» организованной группой Михаила Ходорковского и Платона Лебедева, Андрей Гурьев создал сеть посреднических фирм, в том числе в российской оффшорной зоне в Калмыкии, со сложной системой соподчинения и контроля. Гурьев постоянно регистрировал новые фирмы, закрывал старые с целью ухода от налогов. С 1994 года всю производимую ОАО «Апатит» продукцию он реализовал через подконтрольные посреднические фирмы: ЗАО «Апатит-Трейд», ООО «ФосАгро-Маркетинг», ООО «Дин», ООО «Варяг», ООО «Аскольд-Север», ООО «Фоско», ООО «Фиако-МК», ООО «Фосмаркет», ООО «Фострейд», ООО «Торговый дом Фосфатов», ООО «Агрохимическая компания», ООО «Агрохимкорпорация» и ООО «Агрохимтрейд» и другие. В основном, все эти фирмы являлись подставными и не вели никакой деятельности. Группа во главе с Гурьевым также следила за работой оффшора Apatit Fertilizers S.A., через который продукция «Апатита» уходила за рубеж. В конце 90-х Гурьев и его партнеры продавали апатитовый концентрат этим фирмам, позиционируя их как посредников, а те в свою очередь реализовывали концентрат российским производителям, увеличивая его стоимость в несколько раз. Таким образом, неучтенная прибыль коммерческих структур, руководителем которых, являлся, в частности, Гурьев, составляла не менее 186-196 миллионов долларов ежегодно, а прибыль с учетом всех издержек оценивалась в 100-200 миллионов долларов США. (www.genproc.gov.ru, www.tv100.ru от 16.05).