Ведущий расследование этого преступления следователь городской прокуратуры Санкт-Петербурга Борис Синдаловский отказался давать корреспонденту Граней.Ру какую-либо информацию о ходе расследования. "Дело находится в производстве", - все, что сказал он.

С самого начала рассматривалось несколько версий убийства. Основная - месть неонацистских организаций. Сразу после убийства было проведено более 30 обысков в квартирах членов подобных организаций, в ходе которых было найдено большое количество литературы националистического содержания. Однако никаких улик, подтверждающих причастность к убийству какой-либо из националистических организаций, обнаружить так и не удалось. Прокуратура также проверяла и версию убийства из хулиганских побуждений. Не подтвердилась и она.

Как рассказал Граням.Ру директор Московского бюро по правам человека Александр Брод, коллеги убитого ученого убеждены в том, что это убийство - месть со стороны радикальных экстремистских организаций "Шульц-88" и РНЕ. "Убийца – из числа тех организаций, против которых возбуждались уголовные дела, и по которым Гиренко привлекали как эксперта. В большинстве случаев его экспертизы играли решающую роль в признании виновными в разжигании национальной розни", - сказал правозащитник.

По словам Брода, правоохранительные органы лишь первое время предпринимали какие-то действия. "В Москву приезжал следователь, вызывал меня и представителей нашей организации. Он также вызывал на допрос представителей националистических группировок, публично одобрявших убийство Гиренко. Однако никаких обвинений им не предъявляли.

По словам Брода, следователь прокуратуры допрашивал и лидера "Русской республики" Попова, который спустя несколько дней после убийства ученого разместил на сайте своей организации "смертный приговор" Николаю Гиренко. Однако уголовного дела в отношении Попова возбуждено не было, и никаких мер по ликвидации сайта также не принималось.

Незадолго до гибели Гиренко выезжал в Великий Новгород, где выступал в качестве эксперта на суде над тремя членами РНЕ, обвинявшихся в экстремистской деятельности. По словам Александра Брода, Гиренко рассказывал, что члены новгородского РНЕ откровенно угрожали ему убийством. И спустя неделю его убили. Однако какой-либо связи между этим убийством и расследуемым в Великом Новгороде уголовным делом правоохранительные органы также не нашли.

Кроме того, в том же 2004 году ряд радикальных экстремистских изданий, выходящих в Санкт-Петербурге, в частности, "Наше отечество", опубликовали серию оскорбительных статей по адресу Гиренко, в которых прямо призывали к расправе над ученым. Эти публикации появились после того, как Гиренко провел около 10 экспертиз по этим изданиям, в которых доказывал, что они способствуют разжиганию национальной розни.

Два уголовных дела, в которых ученый незадолго до убийства выступал экспертом, все же были доведены до суда. По одному из них уже вынесен приговор. 31 мая суд Великого Новгорода признал виновными в экстремизме трех членов РНЕ. Суд приговорил 20-летнего студента Захарова к 2 годам лишения свободы, 30-летнего рабочего Савельева - к 3 годам, 40-летнего предпринимателя Пекина - к 4 годам. Однако все наказания назначены условно.

Также в Санкт-Петербурге в Ленинском федеральном суде проходит процесс по делу шестерых членов группы "Шульц-88", известной экстремистскими выходками в адрес уроженцев Кавказа, Азии и Африки. На последнем заседании 15 мая эксперты Института русского языка подтвердили выводы Гиренко о том, что в изъятых у подсудимых брошюрах содержится "словесная информация, побуждающая к агрессивным действиям против ряда этнических групп". Заседание продолжится 23 июня.

Именно этот процесс по "делу Шульца" стал последним делом ученого: в июне 2004 года эксперт Гиренко огласил свои выводы, согласно которым самиздатовские журналы "Гнев Перуна", "Made in St-Petersburg" и брошюра "Язычество как духовно-нравственная основа русского национал-социализма" "возбуждают расовую вражду". Позднее один из подсудимых обжаловал в суде эти выводы, и суд решил назначить еще одну лингвистическую экспертизу, которую поручили специалистам Института русского языка им. Виноградова РАН.